Vegdist Binário Opções

Índices de dissimilaridade para ecologistas da comunidade Descrição A função calcula índices de dissimilaridade que são úteis ou populares entre os ecologistas da comunidade. Todos os índices usam dados quantitativos, embora sejam nomeados pelo índice binário correspondente, mas você pode calcular o índice binário usando um argumento apropriado. Se você não encontrar o seu índice favorito aqui, você pode ver se ele pode ser implementado usando designdist. Os índices de Gower, BrayndashCurtis, Jaccard e Kulczynski são bons na detecção de gradientes ecológicos subjacentes (Faith et al., 1987). Os índices de Morisita, HornndashMorisita, Binomial e Chao devem ser capazes de lidar com diferentes tamanhos de amostra (Wolda 1981, Krebs 1999, Anderson amp Millar 2004) e Mountford (1962) e Raup-Crick para dados de presencendashabsence devem ser capazes de lidar com desconhecidos Variável). Matriz de dados da comunidade. Índice de dissimilaridade, correspondência parcial a manhattan. Euclidiano. Canberra. zurro. Kulczynski. Jaccard Gower Morisita chifre. Mountford Raup Binomial ou chao. Execute a padronização da presença-presença antes da análise usando decostand. Onde ni xij xik Jaccard índice é calculado como 2B (1B). Onde B é dissimilaridade BrayndashCurtis. O índice binomial é derivado da desvio binomial sob hipótese nula de que as duas comunidades comparadas são iguais. Deve ser capaz de lidar com tamanhos de amostra variável. O índice não tem um limite superior fixo, mas pode variar entre sítios sem espécies partilhadas. Para mais discussões, ver Anderson amp Millar (2004). O índice de Mountford é definido como M 1alfa em que alfa é o parâmetro da logseries de Fishers assumindo que as comunidades comparadas são amostras da mesma comunidade (cf fisherfit, fisher. alpha). O índice M é encontrado como a raiz positiva da equação exp (aM) exp (bM) 1 exp ((ab-j) M). Onde j é o número de espécies que ocorrem em ambas as comunidades, e aeb são o número de espécies em cada comunidade separada (de modo que o índice usa informação de presencendashabsence). O índice de Mountford é geralmente misrepresented na literatura: na verdade Mountford (1962) sugeriu uma aproximação para ser usado como valor inicial em iterações, mas o índice adequado é definido como a raiz da equação acima. A função vegdist resolve M com o método de Newton. Observe que se a ou b são iguais a j. Uma das comunidades poderia ser um subconjunto de outro, ea dissimilaridade é 0 significando que objetos não-idênticos podem ser considerados semelhantes eo índice é não métrico. O índice de Mountford está no intervalo 0. log (2). Mas as dissimilaridades são divididas por log (2) de modo que os resultados estarão no intervalo convencional 0. 1. A dissimilaridade de RaupndashCrick (método raup) é um índice probabilístico baseado em dados de presença de absentismo. É definido como 1 - prob (j). Ou com base na probabilidade de observar pelo menos j espécies em comunidades comparadas em comparação. Legendre amp Legendre (1998) sugerem usar simulações para avaliar a probabilidade, mas a função atual usa o resultado analítico da distribuição hipergeométrica (phyper). Esta probabilidade (eo índice) depende do número de espécies que faltam em ambos os sítios, e a adição de todas as espécies-zero aos dados ou a remoção das espécies em falta dos dados irão influenciar o índice. A probabilidade (eo índice) pode ser quase zero ou quase um para uma ampla gama de valores de parâmetro. O índice é não-métrico: duas comunidades sem espécies compartilhadas podem ter uma dissimilaridade ligeiramente abaixo de um, e duas comunidades idênticas podem ter dissimilaridade ligeiramente acima de zero. O índice de Chao tenta levar em conta o número de pares de espécies não vistos, da mesma forma que o método Chaos em specpool. A função vegdist implementa um índice de tipo Jaccard definido como d Uj Uk (Uj Uk - Uj Uk). Onde Uj CjNj (Nk - 1) Nk vezes a1 (2 a2) vezes SjNj. Aqui Cj é o número total de indivíduos em espécies compartilhadas com o sítio k. N é o número total de indivíduos, a1 e a2 são o número de espécies que ocorrem apenas com um ou dois indivíduos em outro local e Sj é o número de indivíduos em espécies que ocorrem apenas com um indivíduo em outro local (Chao et al., 2005 ). O índice Morisita pode ser usado apenas com dados de contagem genuína (inteiros). Sua variante HornndashMorisita é capaz de lidar com todos os dados de abundância. As dissimilaridades euclidianas e de Manhattan não são boas na separação de gradientes sem padronização adequada, mas ainda são incluídas para comparação e necessidades especiais. Os índices de BrayndashCurtis e Jaccard são de ordem de classificação similar, e alguns outros índices tornam-se idênticos ou ordem de classificação semelhantes após algumas padronizações, especialmente com a presença de transformação de equivalência de totais de site com decostand. O índice de Jaccard é métrico, e provavelmente deve ser preferido em vez do Bray-Curtis padrão que é semimétrico. As convenções de nomenclatura variam. O adoptado aqui é mais tradicional do que verdadeiro para prioridade. A função encontra variantes quantitativas ou binárias dos índices com o mesmo nome, o que corretamente pode se referir apenas a uma dessas alternativas. Por exemplo, o índice de Bray é conhecido também como índice Steinhaus, Czekanowski e Srensen. A versão quantitativa de Jaccard provavelmente deve ser chamada de índice Ruika. O chifre abreviado para o índice de HornndashMorisita é enganoso, desde que há um índice separado de Horn. A abreviatura será alterada se esse índice for implementado em vegan. Deve fornecer uma substituição drop-in para dist e retornar um objeto de distância do mesmo tipo. A função é uma alternativa à dist adicionando alguns índices ecologicamente significativos. Ambos os métodos devem produzir tipos semelhantes de objetos que podem ser intercambiados em qualquer método que aceite. Manhattan e euclidiana dissimilaridades devem ser idênticos em ambos os métodos. O índice de Canberra é dividido pelo número de variáveis ​​em vegdist. Mas não em dist. Assim, estes diferem por um multiplicador constante, ea alternativa em vegdist está no intervalo (0,1). A função daisy (cluster de pacotes) fornece uma implementação alternativa do índice de Gower que também pode manipular dados mistos de variáveis ​​numéricas e de classe. A maioria dos índices de dissimilaridade em vegdist são projetados para dados da comunidade, e eles darão valores enganosos se houver entradas de dados negativas. Os resultados também podem ser enganosos ou NA ou NaN se houver locais vazios. Em princípio, você não pode estudar a composição de espécies sem espécies e você deve remover sites vazios de dados da comunidade. Jari Oksanen, com contribuições de Tyler Smith (índice Gower) e Michael Bedward (índice RaupndashCrick). Referências Anderson, M. J. e Millar, R. B. (2004). Variação espacial e efeitos do habitat em assembléias temperadas do peixe do recife em New-Zealand do nordeste. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 305, 191ndash221. Chao, A. Chazdon, R. L. Colwell, R. K. e Shen, T. (2005). Uma nova abordagem estatística para avaliar a similaridade da composição de espécies com dados de incidência e abundância. Ecology Letters 8, 148ndash159. Faith, D. P, Minchin, P. R. e Belbin, L. (1987). Disimilaridade composicional como uma medida robusta da distância ecológica. Vegetatio 69, 57ndash68. Krebs, C. J. (1999). Metodologia Ecológica. Addison Wesley Longman. Legendre, P, amp Legendre, L. (1998) Ecologia Numérica. 2ª Edição em Inglês. Elsevier. Mountford, M. D. (1962). Um índice de similaridade e sua aplicação a problemas de classificação. Em: P. W.Murphy (ed.), Progresso em Zoologia do Solo. 43ndash50. Butterworths. Wolda, H. (1981). Índices de semelhança, tamanho da amostra e diversidade. Oecologia 50, 296ndash302. A função designdist pode ser usada para definir seu próprio índice de dissimilaridade. As funções de dissimilaridade alternativas incluem dist na base R. Daisy (pacote cluster) e dsvdis (pacote labdsv). A função betadiver fornece índices destinados à análise da diversidade beta. Pacote vegan versão 1.16-32 Índice Trusted e Honesto Opções Binárias Brokers Trusted Opções Binárias Brokers Sem fazer alguma pesquisa quando você está olhando para colocar e negociar opções binárias on-line, então você realmente está à mercê de alguns dos sites de negociação mal executado e operado, Com isso em mente, por favor, certifique-se de que você tem um olhar em torno do nosso site para cada único site listado tem assinalado todas as caixas de direito em relação ao que eles têm para oferecer aos seus clientes e, como tal, estão listados como confiáveis ​​Binary Options Brokers. 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